โรงเรียนอัสสัมชัญแผนกประถมถือกำเนิดมาจากโรงเรียนอัสสัมชัญ ซึ่งเป็นโรงเรียนแรกในเครือมูลนิธิคณะเซนต์คาเบรียลแห่งประเทศไทย โรงเรียนอัสสัมชัญก่อตั้งโดยบาทหลวงเอมิล กอลมเบต์ เมื่อปีพุทธศักราช 2428 มุ่งเน้นจัดการศึกษาควบคู่กับคุณธรรมให้แก่เยาวชน โรงเรียนแห่งนี้จึงเป็นที่ต้องการของผู้ปกครองและ ศิษย์เก่าในการส่งบุตรหลานเข้ามาเรียนเป็นจำนวนมาก ทำให้อาคารเรียนมีไม่เพียงพอ ทางโรงเรียนเห็นความจำเป็นในการจัดให้มีพื้นที่สำหรับการจัดการเรียนการสอนให้เป็นไปอย่างทั่วถึงและมีประสิทธิภาพ โดยเจษฎาธิการหลุยส์ ชาแนล (ภราดาวิริยะ ฉันทวโรดม) ซึ่งดำรงตำแหน่งอธิการโรงเรียนอัสสัมชัญในขณะนั้นได้นำเรื่องปรึกษากับคณะกรรมการบริหารมูลนิธิคณะเซนต์คาเบรียลแห่งประเทศไทย ซึ่งขณะนั้นมี ภราดาฟิลิป อำนวย ปิ่นรัตน์ เป็นอธิการเจ้าคณะฯ ได้ประชุมพิจารณาถึงความแออัดของโรงเรียนอัสสัมชัญ ดังนั้นในวันที่ 4 ธันวาคม พุทธศักราช 2508 จึงมีมติให้ก่อตั้งโรงเรียนขึ้น ณ ที่อยู่ปัจจุบัน เลขที่ 164 ซอยสาทร 11 ถนนสาทรใต้ แขวงยานนาวา เขตสาทร กรุงเทพมหานคร ซึ่งได้รับอนุมัติเงินสำหรับดำเนินการครั้งแรกสองล้านบาท เพื่อสร้างอาคารเรียน 1 หลัง ห้องสุขา 2 แห่ง และศาลาอเนกประสงค์ 1 หลัง บนเนื้อที่ประมาณ 5 ไร่ โดยแบ่งที่ดินมาจากโรงเรียนอัสสัมชัญพาณิชยการ เมื่อสร้างเสร็จทำการย้ายเฉพาะนักเรียนระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-4 มาเท่านั้น ส่วนนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 5-7 ยังคงอยู่ที่โรงเรียนอัสสัมชัญ เขตบางรัก เช่นเดิม ในระยะแรกโรงเรียน ที่ก่อตั้งขึ้นนี้ใช้ชื่อโรงเรียนอัสสัมชัญ ได้รับอนุญาตให้เปิดทำการสอนเมื่อวันที่ 22 พฤษภาคม พุทธศักราช 2509 เริ่มให้นักเรียนเข้าเรียนวันแรกเมื่อวันที่ 23 พฤษภาคม พุทธศักราช 2509 มีนักเรียนทั้งหมด 997 คน ครู 27 คน มีอาคารเรียนหลังแรกชื่อ ตึกมาร์ติน เดอ ตูรส์ ได้รับการเสกประกอบพิธีทางศาสนาและเปิดอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 6 พฤษภาคม พุทธศักราช 2510 โดยพระอัครสังฆราช ยวง นิตโย ประมุขแห่งอัครสังฆมณฑลกรุงเทพ และหม่อมหลวงปิ่น มาลากุล รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการเป็นประธานในพิธีเปิด กระทั่งมาในปีพุทธศักราช 2520 จึงเปลี่ยนชื่อเป็นโรงเรียนอัสสัมชัญแผนกประถม ด้านการบริหารงานของโรงเรียน ภราดาวิริยะ ฉันทวโรดม ดำรงตำแหน่งอธิการดูแลทั้งแผนกประถมและแผนกมัธยม ดังนั้นท่านจึงมอบหมายให้ ภราดาสุรชัย สุขชัย เป็นตัวแทนทำหน้าที่ควบคุมดูแลที่โรงเรียนอัสสัมชัญแผนกประถม โดยมีมาสเตอร์ประวิทย์ สุจฉายา เป็นครูใหญ่คนแรก การพัฒนาระบบบริหารจัดการของโรงเรียนยังคงดำเนินต่อไปในทุกๆ ด้าน กระทั่งสิ้นปีการศึกษา 2514 มาสเตอร์ประวิทย์ สุจฉายา ลาออก ภราดาวิริยะ ฉันทวโรดม จึงแต่งตั้ง มาสเตอร์ประทีป สุวรรณเสวตร ดำรงตำแหน่งเป็นครูใหญ่คนต่อมา